Pendaftaran Santri Ponpes Miftahussalam Yogyakarta masih dibuka sampai kuota mencukupi. Meskipun menggunakan media online sebagai penyebaran informasi, rencananya, mulai bulan september tahun ini (2016) Ikatan Santri Miftahussalam, Iksanmas, akan menyebarkan brosur penerimaan santri baru.

Calon santri Ponpes Miftahussalam perlu membaca dan memahami  syarat-syarat untuk menjadi santri Ponpes Miftahussalam Yogyakarta. 

Diharapkan sebelumnya calon santri Ponpes Miftahussalam Yogyakarta mengikuti kegiatan rutin malam rabu. Hal ini selain bertujuan untuk mengenalkan calon santri dengan kegiatan pondok, sekaligus berkenalan dengan santri Ponpes Miftahussalam Yogyakarta.

Setelah memenuhi syarat-syarat yang ada, selanjutnya calon santri akan dipanggil untuk melakukan perkenalan dan pengarahan di Musholla Miftahussalam. Apabila sudah dinyatakan diterima menjadi santri, nantinya santri baru bisa mulai tinggal di pondok.

Santri yang sudah dinyatakan diterima, dianggap sudah memahami peraturan pondok.

Santri –baik santri lama maupun santri baru, diperbolehkan mengajak teman untuk mondok di Ponpes Miftahussalam Yogyakarta dengan syarat dan prosedur yang sama.